PWMScan: a fast tool for scanning entire genomes with a position-specific weight matrix
Ambrosini, Giovanna; Groux, Romain; Bucher, Philipp
2018

Fichiers

Résumé

Transcription factors (TFs) regulate gene expression by binding to specific short DNA sequences of 5 to 20-bp to regulate the rate of transcription of genetic information from DNA to messenger RNA. We present PWMScan, a fast web-based tool to scan server-resident genomes for matches to a user-supplied PWM or TF binding site model from a public database.

Détails

Titre PWMScan: a fast tool for scanning entire genomes with a position-specific weight matrix
Auteur(s) Ambrosini, Giovanna ; Groux, Romain ; Bucher, Philipp
Publié dans Bioinformatics
Pages bty127
Date 2018-03-05
ISSN 1460-2059
Note National Licences
DOI https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty127
Laboratoires GR-BUCHER
Le document apparaît dans Production scientifique et compétences > SV - Faculté des sciences de la vie > ISREC - Institut suisse de recherche expérimentale sur le cancer > GR-BUCHER - Groupe Bucher
Publications validées par des pairs
Travail produit à l'EPFL
Articles de journaux
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Date de création de la notice 2018-03-06

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