Les premiers travaux de construction de l’A16 en Ajoie ont débuté en 1995. La région traversée étant karstique, l’Office des Ponts et Chaussées du Canton du Jura s’est interrogé dès l’origine du projet sur l’influence de l’autoroute sur le régime hydrologique. Depuis 1989, un réseau systématique de mesures des écoulements superficiels et souterrains a donc été installé sur les zones concernées par le tronçon autoroutier. L’objectif de ce projet de master est de déterminer si un impact de la Transjurane en l’Ajoie est visible et quantifiable à partir de ces données récoltées sur plus de vingt ans. Ainsi, les périodes précédant et suivant le début des travaux de gros oeuvre sont comparés grâce notamment à l’analyse des valeurs extrêmes, de l’autocorrélation et des paramètres statistiques. Parallèlement, un modèle hydrologique (HydroRoute) semi-distribué déjà existant est calé afin de mettre en évidence un potentiel changement du régime hydrologique. Pour les sous-bassins fortement karstiques, HydroRoute étant insuffisant, un autre modèle plus adapté aux caractéristiques locales est élaboré.