Die Eutrophierung des Zugersees erreichte 1982 mit einem Phosphorgehalt von 635 t (200 mg-P m-3) den Höhepunkt. Seither nimmt der Phosphorinhalt stetig ab. Obwohl der Rückgang zur Zeit  14 t-P yr-1 beträgt ( 5% yr-1), liegt die aktuelle mittlere Konzentration von Phosphor (P) im See noch immer bei  85 mg-P m-3. Damit ist der Zugersee nach wie vor einer der nährstoffreichsten Seen der Schweiz, obwohl offensichtlich die Belastung in den letzen 30 Jahren deutlich abgenommen hat. Zwei Gründe sind für die hohe P-Konzentration verantwortlich: (1) Die hydraulische Aufenthaltszeit beträgt  15 Jahre, so dass die enorme Menge von P aus den 1980-er Jahren nur langsam aus dem See gespült wird. (2) Zudem ist der See unterhalb von 100 m Tiefe praktisch permanent dichtegeschichtet. Auch während der Abkühlung im Winter wird das nährstoffhaltige Tiefenwasser kaum mit dem abgereicherten Oberflächenwasser vermischt. Das enorme P-Reservoir in der Tiefe kann somit weitgehend unbehelligt und "geschützt" vor dem Kontakt mit dem Seeausfluss in der Tiefe langfristig verweilen. Aus diesem Grund, und trotz der zusätzlichen Senke für P welche die P-Nettosedimentation darstellt, beträgt die Aufenthaltszeit des P  16 Jahre. Dass in einem See die P-Aufenthaltszeit und die hydraulische Aufenthaltszeit praktisch gleich sind, ist unüblich und eine spezielle Eigenschaft des Zugersees.