Les sources diffuses de contamination dans le Lac Léman font régulièrement l’objet de suivi par l’entremise de la CIPEL et de travaux de recherche, notamment le projet LEMAN21 (www.leman21.ch). Plusieurs questions restent néanmoins ouvertes, en ce qui concerne l’origine de cette contamination, son importance et la manière de l’appréhender. Dans le cadre d’un mandat de l’Office fédéral de l’environnement, ce travail a pour buts : 1. Identifier et quantifier les sources diffuses de micropolluants dans le lac Léman par le biais de prélèvements et d’analyse sur 3 affluents du Léman; 2. Développer une approche méthodologique pour l’échantillonnage de sources diffuses de micropolluants; 3. Proposer une approche conceptuelle pour l’ensemble des apports diffus dans le lac Léman. Trois bassins versants ont été équipés de systèmes de mesure des débits et d’échantillonneurs afin de mesurer les concentrations de 19 substances lors d’événements pluvieux et par temps sec : Rhône (Porte-du-Scex), Chamberonne et Venoge. Sur le Rhône, 3 campagnes d’échantillonnage sur 14 jours (échantillons composites journaliers) ont été menées. Les échantillons moyens ont été également analysés en suivant la méthodologie de Screening développée par l’Eawag sur le Rhin. Les résultats montrent des concentrations relativement faibles pour le Rhône, avec la présence de quelques substances à caractère industriel. Les gammes de concentrations sont similaires à celles mesurées sur le Rhin. La méthodologie de Screening a permis d’identifier une molécule non communément mesurée sur le Rhône. Les concentrations sur les rivières Chamberonne et Venoge, des cours d’eau représentatifs des affluents du Léman en termes de concentrations en pesticides, montrent des concentrations relativement faibles par temps sec et une dynamique importante par temps de pluie conduisant à des concentrations dépassant parfois les normes de qualité environnementales (NQE). Pour chaque bassin versant, les quantités de substances utilisées en agriculture ont été estimées sur la base de l’outil PESTIBASE développé par la CIPEL. Pour le bassin du Rhône, la comparaison entre les quantités théoriques appliquées et les concentrations mesurées dans le Rhône est satisfaisante. Une enquête détaillée sur une partie du bassin versant de la Chamberonne a également été effectuée. L’étude de la représentativité des résultats a été effectuée en utilisant des outils basés sur la théorie de l’échantillonnage. Pour le Rhône, des incertitudes de l’ordre de 35% sur les masses annuelles de micropolluants sont estimées pour les composés dissous, en suivant la méthodologie actuelle. Pour la mesure des composés adsorbés, une modification du système de prélèvement est souhaitable pour limiter les incertitudes. Dans le cas des autres cours d’eau, la prise d’échantillons sur 24 heures pendant l’année ne permet pas d’estimer correctement les charges annuelles (incertitudes de l’ordre de 60% même avec 40 échantillons par an). L’étude de scénarios est fortement recommandée avant de se lancer dans des programmes de monitoring. La mise en place d’un guide ou d’une directive sur l’échantillonnage de composés diffus est fortement recommandée. Une démarche conduisant à la définition d'indicateurs de pollution diffuse d'origine agricole pour le classement de bassins versants est proposée, basée sur l’activité agricole et la vulnérabilité des bassins versants. Un test d’application a été mené sur les bassins versants de la Chamberonne et de la Venoge, démontrant la faisabilité de la démarche en utilisant les outils et données disponibles dans le contexte lémanique. Les critères et les poids à attribuer aux différents indicateurs doivent être discutés par un groupe d’expert. A titre de conclusion, on constate que la mesure de micropolluants dans différents cours d’eau est considérée actuellement comme un but en soit, alors qu’il s’agit d’une information destinée à alimenter des outils de gestion pour préserver le milieu naturel. Ces outils font, à l’heure actuelle, cruellement défaut. Une meilleure planification des campagnes de mesure, basées sur des scénarios et des buts précis quant à l’utilisation des résultats a posteriori est absolument indispensable pour éviter d’accumuler des informations peu ou pas représentatives. Une priorisation des bassins versants, en termes de pollution diffuse, est souhaitable sur le pourtour du lac Léman afin de cibler au mieux les actions à entreprendre pour préserver cet environnement.